अल्मोड़ा में विश्वविद्यालय बनने के साथ साथ ही विवादों में आ गया विश्वविद्यालय के पहले कुलपति के तौर पर नियुक्त प्रोफेसर एनएस भंडारी की नियुक्ति को एक याचिकाकर्ता द्वारा हाईकोर्ट में चुनौती दे दी गई याचिकाकर्ता ने दायर याचिका में कहा कि विश्वविद्यालय अनुदान आयोग अर्थात यूजीसी की गाइड लाइन के अनुसार कुलपति बनने हेतु 10 साल की प्रोफेसर शिप जरूरी होती है मगर प्रोफ़ेसर भंडारी 8 साल की प्रोफेसर शिप पूरी करने के बाद यूके एसएससी मैं सदस्य नियुक्त हो गए थे।
अपने आदेश में नैनीताल हाई कोर्ट ने कहा है कि प्रोफ़ेसर भंडारी के राज्य कर्मचारी चयन आयोग के कार्यकाल को बतौर प्रोफेसर नहीं देखा जा सकता इसीलिए उनकी नियुक्ति रद्द की जाती है।
